Как обрабатывать новые строки в JSON?

Вам понадобится функция, которая crlf заменяет \n на \\n в случае, если newline data не является строковым литералом.

function jsonEscape(str)  {
    return str.replace(/\n/g, "\\\\n").replace(/\r/g, "\\\\r").replace(/\t/g, "\\\\t");
}

var data = '{"count" : 1, "stack" : "sometext\n\n"}';
var dataObj = JSON.parse(jsonEscape(data));

В json результате dataObj будет

Object {count: 1, stack: "sometext\n\n"}