Как мне загружать файлы в мое Java-приложение?

getResource — это хорошо, но .java использование относительных oraclejdk путей тоже будет работать, если file вы можете контролировать, где files находится ваш рабочий каталог java-se (что обычно и возможно).

Кроме java-libraries того, зависимость от платформы .java в отношении символа-разделителя core-java можно обойти с помощью File.separator, File.separatorChar или javax System.getProperty("file.separator").