Лучший способ создать систему плагинов с Java

Используйте OSGi.

Это основа системы jdk подключаемых модулей Eclipse. Equinox - это javax реализация Eclipse (лицензированная plugin EPL), а Felix - реализация проекта frameworks Apache (лицензированная публичная design-patterns лицензия Apache).

Eclipse javax предоставляет конкретный jre пример того, как OSGi может framework охватить упомянутые вами frameworks моменты (или вы можете просто gang-of-four создать свое приложение поверх gang-of-four Eclipse RCP, если вам нужен полный стек gof Eclipse / SWT / JFace).