Как мне сделать так, чтобы изменения переменных среды оставались неизменными в Python?

заставить их приклеиться env к система?

Думаю, вы здесь environment-variables немного запутались. Нет никакой pythonic «системной» среды. У каждого env процесса есть своя собственная python-interpreter среда как часть его памяти. Процесс pythonic может изменять только свою env собственную среду. Процесс python-shell может установить начальную environment-variables среду для создаваемых им pythonista процессов.

Если вы действительно python-interpreter думаете, что вам нужно установить env переменные среды для системы, вам environment-variables нужно будет посмотреть на python-shell их изменение в том месте, откуда py они изначально загружаются, например, в pythonista реестре в Windows или в файле python-shell конфигурации оболочки в Linux.