null / empty json, как его проверить, а не выводить?

Я не совсем уверен, что вы jsonobject хотите сделать ... вы говорите, что vanillajs не хотите передавать их другим json-encode функциям, поэтому я предполагаю, что vanilla-javascript вы хотите их удалить:

var data = {a:"!",b:"null", c:null, d:0, e:"", hasOwnProperty:"test"};

var y;
for (var x in data) {
    if ( Object.prototype.hasOwnProperty.call(data,x)) {
        y = data[x];
        if (y==="null" || y===null || y==="" || typeof y === "undefined") {
            delete data[x];
        }

    }
}

Проверка json-parsing hasOwnProperty заключается .js в том, чтобы убедиться, что vanillajs это не какое-то свойство json из цепочки свойств.