Метод Java split() удаляет пустые строки в конце?

Взгляните на docs, вот важная java цитата:

[...] the array can have any length, and trailing empty strings will be discarded.

Если вам это не нравится, взгляните openjdk на комментарий Фабиана. При java-api вызове String.split(String) он вызывает String.split(String, 0) и отбрасывает splitting завершающие пустые строки jdk (как говорится в документации), при .java вызове String.split(String, n) с n < 0 он ничего не отбрасывает.