Можно ли создать псевдоним ветки в Git?

В имени "master" в Git нет source-control ничего особенного, оно просто build-automation называется так по соглашению vcs (и по умолчанию). Вы, конечно, можете source-code-control называть его "стволом", если vcs хотите:

git branch -m master trunk

Это очень похоже на scc Subversion, где имя «ствол» тоже version-control называется так по соглашению. Вы vcs могли бы назвать основную git ветку «master» в Subversion.