Что в MySQL означает «накладные расходы», что в этом плохого и как это исправить?

Если вы говорите о том, что mysqldump phpMyAdmin вызывает overhead, то это фактический mysqlclient размер файла данных таблицы mysqld относительно идеального размера mysql-table того же файла данных (как overhead если бы он был только что overhead восстановлен из резервной mysql-query копии).

По соображениям производительности mysql-if MySQL не сжимает файлы данных mysql-server после удаления или обновления overhead строк.

Этот overhead не подходит для mysql-server сканирования таблицы, т.е. е. когда mysqlclient ваш запрос должен пройти mysqlsh по всем значениям таблицы, ему mysqlclient потребуется больше пустого my-sql места.

Вы можете избавиться mysqld от overhead, запустив OPTIMIZE TABLE, который сжимает my-sql вашу таблицу и индексирует.