Лучший класс для обновления файлов свойств?

Образец кода для использования javax библиотеки конфигурации Apache j2se Commons, предоставленной .java Патриком Боосом, излишне javax сложен. Вам не нужно явно java-libraries использовать PropertiesConfigurationLayout, если core-java вам не требуется расширенный jdk контроль над выводом. Сама property по себе PropertiesConfiguration property достаточно для сохранения openjdk комментариев и форматирования:

PropertiesConfiguration config = new PropertiesConfiguration("myprops.properties");
config.setProperty("Foo", "Bar");
config.save();

(Примечание: этот java-se код работает для существующей java-libraries стабильной версии 1.10. Я javax не проверял, работает ли oraclejdk он с доступными в настоящее jre время альфа-сборками 2.0.)