Создавайте поддомены на лету с помощью .htaccess (PHP)

Вы можете разрешить каждый php5 субдомен в первую очередь, а php.ini затем проверить, действителен php-fpm ли субдомен. Например:

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^[^.]+\.example\.com$
RewriteRule !^index\.php$ index.php [L]

Внутри php-fpm index.php вы можете извлечь субдомен, используя:

if (preg_match('/^([^.]+)\.example\.com$/', $_SERVER['HTTP_HOST'], $match)) {
    var_dump($match[1]);
}

Но codeigniter-htaccess все это требует, чтобы ваш htaccess веб-сервер принимал каждое php.ini имя поддомена.