Как я могу условно применить оператор Linq?

Если вам нужно отфильтровать sql-to-linq базу по списку / массиву, используйте c#.net следующее:

    public List GetData(List Numbers, List Letters)
    {
        if (Numbers == null)
            Numbers = new List();

        if (Letters == null)
            Letters = new List();

        var q = from d in database.table
                where (Numbers.Count == 0 || Numbers.Contains(d.Number))
                where (Letters.Count == 0 || Letters.Contains(d.Letter))
                select new Data
                {
                    Number = d.Number,
                    Letter = d.Letter,
                };
        return q.ToList();

    }