Я хотел бы создать df из dict, где 1 столбец - это dict.keys, а другой - значения dict

Вы можете создать list из list со python-shell значениями из dct, а затем создать data.frame dataframe с нужным именем столбца.

import pandas as pd

dct = {'Group1':[3,5,7],'Group2':[78,98,54],'Group3':[100,112,140]}

res = [[v, key] for key,val in dct.items() for v in val]
# res -> [[3, 'Group1'],[5, 'Group1'],[7, 'Group1'], ... ,[140, 'Group3']]

df = pd.DataFrame(res, columns=['value', 'key'])
print(df)

Вывод:

   value     key
0      3  Group1
1      5  Group1
2      7  Group1
3     78  Group2
4     98  Group2
5     54  Group2
6    100  Group3
7    112  Group3
8    140  Group3