Как я могу получить доступ к IFRAME из файла кода программной части в ASP.NET?

Если iframe находится непосредственно iframe на странице, где выполняется iframe код, вы должны иметь возможность aspdotnet ссылаться на него напрямую:

contentPanel1.Attribute = value;

Если asp-net нет (это в дочернем элементе iframes управления или MasterPage), вам asp.net-website понадобится хорошее представление asp.net об иерархии страницы... Или asp.net используйте метод грубой asp.net силы для написания рекурсивной asp.net версии FindControl().