Как скопировать файл в несколько каталогов с помощью команды gnu cp

Нет, cp может копировать несколько shell-command источников, но будет копировать shell-command только в одно место назначения. Вам shellscript нужно организовать вызов shell-commands cp несколько раз - один раз shell-script для каждого пункта назначения shellscript - для того, что вы хотите .bash-profile сделать; используя, как вы .bash-profile говорите, петлю или другой bash инструмент.