Загрузка надстроек при программном создании экземпляра Excel

Использование CreateObject("Excel.Application"), к сожалению, даст excel-addins тот же результат, что и использование vba New Excel.Application.

Вам нужно будет загрузить vba-macros нужные надстройки индивидуально excel-addins по пути и имени файла с помощью excel метода Application.Addins.Add(string fileName).